РОО АВЭК основана в 2001 г. Инициаторами ее создания были сотрудники кафедры эндокринологии Алматинского государственного института усовершенствования врачей, организованной в 1990 г. при содействии заместителя министра здравоохранения КазССР Урмурзиной Г.Г. и по приказу Министра здравоохранения СССР Чазова Е.И.

            Идея создания Ассоциации заключалась в расширении  и укреплении позиций кафедры в деле непрерывного постдипломного образования врачей по вопросам эндокринологии.

            На сегодняшний день в  11 регионах Казахстана имеются филиалы Ассоциации.